La Escuela Andina se inserta
dentro de las iniciativas que a partir de la década del cincuenta despliega el Museo Arqueológico de San Pedro de Atacama. El mismo que desde 1984 se reorganiza como Instituto de Investigaciones Arqueológicas y Museo "R. P. Gustavo Le Paige s. j." (I.I.A.M.) bajo dependencia de la Universidad Católica del Norte.
En forma experimental la Escuela Andina se implementa por primera vez el año 2002, como un emprendimiento conjunto
entre el IIAM, el Consejo de Monumentos Nacionales y la Corporación Nacional de Desarrollo Indígena, integrándose posteriormente el Programa Orígenes.
Hasta el año 2006 funcionó como un curso de difusión del patrimonio cultural y natural atacameño y quechua, en cuyo marco egresaron 93 alumnos, mayoritariamente pertenecientes a comunidades atacameñas de las comunas de Calama y San Pedro de Atacama. Sin embargo, desde el 2007 la Escuela Andina ha sido acreditada bajo la modalidad de diploma académico por la Universidad Católica del Norte, recibiendo el nombre de "Diploma en Patrimonio Cultural Atacameño", el cual está abierto tanto a nuevos interesados como a quienes siendo egresados de las versiones anteriores complementen sus estudios por medio de la realización de asignaturas adicionales.
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