Todos los cursos de Escuela Andina se desarrollan de acuerdo a una metodología teórico-práctica. Cada materia consta de 12 horas de clase en el aula y 6 de estudio tutorial, lo que hace un total de 18 horas de docencia por asignatura.
Según la naturaleza del curso, se contemplan trabajos en los laboratorios del Instituto de Investigaciones Arqueológicas y Museo (conservación, informática, etc.)
A lo anterior, se suman tres salidas a terreno, para acentuar el carácter práctico y participativo de la experiencia educativa.
La evaluación de las materias se realiza a través de exámenes escritos y de trabajos prácticos, en ocasiones resultado de una investigación propuesta y guiada por el docente.
Cada alumno y alumna recibe a comienzo del año académico un texto que recopila los contenidos básicos de todas las asignaturas, de modo que su lectura, suamda al material de apoyo adicional, facilite la compresión de las clases.
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